一、财务管理目标创新
财务管理目标是财务管理工作的出发点和归宿，它与其为之服务的组织的性质以及外部环境密切相关。就当前而言，企业财务管理的目标是企业价值最大化，高校财务管理的目标是在保证国有资产安全有效和国家财政预算贯彻落实的基础上，推动高校教学水平和科研水平提高。而独立学院由于其民办性质，必然与公立高校在财务管理目标上有所区别。但是，多数独立学院的财务管理人员对此都没有明确的认识，在工作中主要沿用举办高校的管理思路和方法，这显然是与独立学院本身的性质预计办学者的初衷是不一致的。因此，独立学院的财务管理人员必须创新管理目标与理念，在追求社会效益的同时，更多地考虑经济效益，要更加注意办学成本的核算与控制。
二、财务管理组织机制创新
财务管理组织是实施财务管理的核心主体，要保证财务管理工作有效运转、更好地实现财务管理目标，必须建立健全与组织目标、组织环境、组织任务相适应的组织机构。当前，许多独立学院还没有独立的财务管理机构，独立学院的财务、会计工作由举办高校代理;有些独立学院虽然设立了财务管理机构，但其权力非常有限，仅仅局限于记账算账，没有真正发挥财务管理的功能。因此，为了保证独立学院财务管理工作的有效开展，必须创新财务管理组织机制，建立董事会领导下的院长负责制。必须建立健全董事长经济责任制，独立学院的法定代表人是独立学院的董事长，他对独立学院的财务工作负有法律责任。董事会对学院的重大财务决策进行集体决策，院长受董事会的委托负责日常财务管理，作为独立学院行政机构的财务部对院长负责，以此形成关系明确的财务管理组织机制。举办高校要赋予独立学院董事长和院长明确的经济责任与权利，使学院能够真正有能力追求其财务管理的目标。在规模比较大和组织机构比较健全的独立学院可以按照事权和财权相统一的原则，将财权进行分解，建立健全各级经济责任制，保证独立学院财务管理规范化，促进独立学院健康、可持续发展。
三、内部控制和监督机制创新
独立学院内部控制与监督机制的基础在于建立健全内部治理机制。对于独立学院，可以建立党政联席会议制度、职工代表大会制度、审计委员会制度对各项财务活动进行监督、控制。具体运行过程中重点从以下三个方面入手：1.要加大对独立学院领导经济行为的约束力度、强化重大财务决策集体审批制度。对重大经费开支和重大经济决策，领导要集体探讨研究，力争从源头严格控制资金的集中投向和投量，防止片面性。2.要建立健全适度公开制度。对重大经费开支要公开透明，采取集体把关、逐级公开、定期报告等措施。维护领导成员和教职工对重大开支、重要事项的知情权和监督权，减少经费开支中的违法违规行为。3.加强内部审计力度，定期对内部控制、监督执行情况进行检查，审查独立学院内部控制是否得到有效执行，坚持把内部控制和监督工作落到实处。独立学院内部审计机构要根据现行国家相关法律法规，从本单位、本部门的实际情况出发，协助管理层调查，对独立学院的内部的薄弱环节和关键部位进行审计，适时提供改进意见。独立学院内审机构应该通过提高独立学院内部审计机构的业务水平，不断发现新问题、新情况，逐步完善独立学院内部控制制度，为提高财务管理水平、防范财务风险提供创造条件。
四、财务预算管理体制创新
独立学院预算管理是独立学院财务管理重要组成部分，涉及到独立学院经费活动的各个方面。独立学院独特的财务管理目标对独立学院预算管理提出更加科学、全面、细化的要求。然而，当前仍然有很多独立学院对教育经费的预算编制不够重视，编制方法简单，没有对独立学院发展过程中产生的问题进行可行性分析，没有明确规范独立学院在支出预算编制中的费用标准，基本延用“上年基数本年增长”的预算分配方法来确定本年度的支出规模，最终导致独立学院的预算编制不合理。对此，必须创新预算管理办法，优化预算编制，硬化预算约束，规范预算管理。独立学院预算管理办法一般应包括学院内部预算管理的职权、预算编制的内容、预算的编制、调整的程序等。与公办高校不同，独立学院预算编制的起点不是财政拨款控制数，而是市场，是招生规模。学院的预算可以采用弹性预算、零基预算等多种预算方法。
为了充分调动独立学院内部人员的积极性，对有限资源的进行优化配置，提高资金的有效使用率，促进独立学院的`健康发展，独立学院可以实行财务预算分级管理机制，适当下放财权，使管理重心下移。预算分级管理机制是一种学院扁平化的分权管理模式，学院根据各系、部门上报的全年收支计划，经由财务部审核、调整后统一划拨到各系、部门，实行全年包干、超支不补、节约归部门的管理制度。
五、财务分析评价机制创新
目前，大部分独立学院只对一定期间内的财务收支状况和资金结存情况进行财务分析，而缺乏对独立学院资金在结构、状态和效益等方面的分析，从而无法对独立学院的发展作出科学的决策，最终给独立学院财务管理带来风险。独立学院财务分析制度的建立，能够使独立学院的经营者正确地掌握学校财务运行状况，比如预算资金使用的有效与无效、损失与浪费、资金配置是否合理、教学设备的利用是否充分等问题。独立学院要注重发挥财务分析和财务报告的作用，通过研究对独立学院财务管理存在的问题进行严格控制和防范。逐步认识和掌握独立学院财务活动的规律，提高独立学院进行财务决策的水平和能力，真正发挥财务部门的参谋作用，使财务管理向“决策型、控制型”拓展。
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